2000年7月10日，馬云成為《福布斯》雜志封面人物。

2009年，馬云加入TNC中國理事會。

2009年5月5日，亞太經濟合作組織（APEC）工商咨詢委員會（ABAC）任命馬云為2010年ABAC行動計劃和APEC資源工作委員會（ABAC PLAN AND APEC ）主席。

2010年4月16日，馬云加入大自然保護協會（TNC）全球董事會。

2013年5月11日，馬云出任TNC（大自然保護協會）中國理事會主席。同年5月，馬云宣布將和中國其他的幾位企業家一起，為中國全球保護基金籌集1500萬美金，投入發展中國家的綠色計劃。

2013年9月27日，阿里巴巴集團創始人馬云夫婦作為捐助人正式加入生命科學突破獎基金會，兩人每年將為生命科學突破獎基金捐獻300萬美金，馬云將會出任全球生命科學突破獎基金會理事。

2014年4月，馬云向自己的母校杭州師范大學捐贈1億元人民幣，設立“杭州師范大學馬云教育基金”。這筆捐贈將由杭州師范大學教育基金會專項管理。

2015年1月，馬云作為亞洲和大洋洲地區唯一的私營部門代表，當選全球互聯網治理聯盟委員會成員。

2015年4月，馬云獲第12屆“中國首善”稱號， 捐贈額達124億元。

2015年4月10日，由馬云、馬化騰出任該機構董事會聯席主席的“桃花源生態保護基金會”宣布成立，45名知名企業家都參與到這一項目中，馬云說：“取名‘桃花源’，我們希望中國10年、20年之后能擁有更純凈的水和空氣”。

2015年6月30日，全球互聯網治理聯盟在巴西圣保羅召開全體理事會，選舉了3名聯合主席，阿里巴巴董事局主席馬云當選理事會聯合主席。

2015年9月8日，胡潤2015年華人慈善報告出爐，馬云通過捐贈阿里巴巴股權設立慈善信托基金，第一次的高調捐贈就成為中國最大單筆個人捐贈，當時此部分股權市值約145億元，該基金主要用于環境、醫療、教育和文化領域。馬云的太太張瑛也同樣熱心慈善，前年與馬云共同加入美國生命科學突破獎基金會，并承諾每年為其捐贈1800萬元。

2015年9月11日消息，聯合國婦女署今日宣布阿里巴巴集團董事局主席馬云將受邀參加9月27日在紐約聯合國總部舉行的全球婦女峰會。

2015年9月15日，北京大學首屆社會公益管理碩士項目。

開學典禮暨北大光華銀泰公益管理研究中心揭牌儀式在光華管理學院舉行。馬云受邀為新生講授 開學第一課。

2015年9月16日，馬云公益基金會在北京啟動“馬云鄉村教師計劃暨首屆馬云鄉村教師獎”。從2015年開始，馬云公益基金會將會每年拿出1000萬元人民幣獎金，向當年入選的100名鄉村教師提供資助和持續三年的專業發展支持。

2015年9月28日，全球婦女峰會在紐約聯合國總部召開，馬云作為全球唯一的企業家代表在會上發言并匯報婦女工作。

2015年10月13日下午，2015年天貓雙11全球狂歡節宣布啟動，在杭州西溪園區的天貓喵鮮生與全球百大生鮮協會簽約現場展示區，阿里巴巴集團董事局主席馬云現場掃碼拍下今年雙11生鮮第一大單——購買了一條重達68公斤的藍鰭金槍魚，價格為38888元。

2015年10月20日，阿里巴巴集團董事局主席馬云受邀出任英國首相戴維·卡梅倫的特別經濟事務顧問。

2015年10月24日，浙商總會成立大會暨第一次會員代表大會在杭州舉行。會上選舉阿里巴巴集團董事局主席馬云為會長。

2015年10月31日，2015年復旦管理學獎勵基金會頒獎典禮暨十周年總結會在上海復旦大學隆重舉行，復旦管理學獎勵基金會理事長、第十屆全國政協副主席徐匡迪為阿里巴巴集團董事局主席馬云頒發了“復旦企業管理杰出貢獻獎”。

2015年11月18日，阿里巴巴董事局主席馬云受邀在菲律賓舉

行的2015年APEC工商領導人峰會上發表了主旨演講。在演講結束后，馬云還受邀同美國總統奧巴馬進行了對話。

2015年11月30日，馬云、比爾·蓋茨、扎克伯克……這些全球頂尖科技公司創始人的名字同時出現在一份27人的名單上--他們投入巨資聯手發起了一項史無前例的“清潔能源研究計劃”。這一計劃目的是集合政府與企業的力量，找到除了風能、太陽能以外更多零碳排放能源的可能，從技術上找到更多阻止全球變暖的方法。馬云無疑是這一項目中最受關注的中國企業家。

2015年12月6日，阿里巴巴集團董事局主席馬云受邀出席聯合國氣候變化巴黎大會并發表主題演講。

2015年12月16日，出席了第二屆世界互聯網大會開幕式。

2015年12月18日，在第二屆世界互聯網大會上，馬云當選全球互聯網治理聯盟聯合主席。

2016年1月17日晚，首屆“馬云鄉村教師獎”頒獎典禮在海南三亞舉行。馬云、李連杰、那英、趙薇、汪涵、高曉松、郎朗等明星大腕出席典禮，并帶領西部六省100名獲獎鄉村教師走紅毯。

2016年1月19日，阿里巴巴集團董事局主席馬云受邀成為聯合國“可持續發展目標”的倡導者。馬云為受邀的唯一一位中國企業家。

2016年1月28日，北京師范大學中國公益研究院發布《2015中國捐贈百杰榜》，阿里巴巴馬云以2.3億多元的捐贈額排名第十。

2016年3月1日，由阿里巴巴董事局主席馬云和影星李連杰共同創辦的太極禪國際文化發展有限公司首家生活館在北京通州魯能格拉斯小鎮開業。

2016年3月19日—3月21日，馬云參加由國務院發展研究中心主辦、中國發展研究基金會承辦的“中國發展高層論壇2016”年會。19日上午，馬云在釣魚臺國賓館對話全球社交網站公司創始人兼首席執行官馬克·扎克伯格。

2016年3月24日，馬云參加博鰲亞洲論壇2016年年會。

2016年3月27日，湖畔大學在杭州舉行了第二屆的開學典禮，阿里巴巴董事局主席馬云作了開學致辭。

2016年5月8日，馬云任中國企業家俱樂部主席。

2016年5月13日，法國政府為馬云舉行了授勛儀式，授予“法國榮譽軍團勛章”，以表彰他在中法合作中的杰出貢獻。

2016年7月9日，阿里巴巴集團董事局主席馬云參加由杭州市政府、阿里巴巴公益基金會主辦的首屆全球XIN公益大會。

2016年9月21日，聯合國秘書長潘基文親自簽發任命書，宣布馬云受邀出任聯合國貿易和發展會議青年創業和小企業特別顧問。

2017年4月25日，聯合國助理秘書長、聯合國貿易和發展會議青年創業和小企業特別顧問馬云來到聯合國日內瓦總部，跟同事們分享半年來的工作成果。自2016年9月受邀任職以來，馬云一直在全球各地奔走，履行幫助年輕人和小企業發展的職責。

2018年1月，團結香港基金發布公告稱，馬云以個人名義向該基金捐贈5000萬港元，以支持教育、青年、創新等領域的政策研究和相關工作。

2018年4月25日，第十五屆（2018）中國慈善榜在北京發布，阿里巴巴集團董事局主席、馬云公益基金會創始人馬云等榮獲年度慈善家稱號。

2018年5月9日，馬云當選中國網絡社會組織聯合會副會長。

2018年5月10日，阿里巴巴在西溪園區舉行了第13屆阿里日集體婚禮，馬云親自證婚。

2018年5月18日下午，在香港大學李兆基會議中心大會堂舉行的第199屆學位頒授典禮上，馬云獲頒名譽社會科學博士學位，以表彰他對科技、社會和世界所作出的重大貢獻。

2018年7月13日，聯合國推出聯合國數字合作高級別小組主席，任命馬云為聯合主席。